江戸の中期、幕府と朝廷の問が不穏な頃、八代将軍吉宗は大岡越前守にたのみ、同心となって、事件の解決にあたらせてくれるよう懇願した。折しも、勅使五条大納言兼広卿の着任の報が知らされていた。同心となった吉宗は、大橋兼四郎と名のる浪人に出会い、お浪のやっている碇屋で酒をくみかわすと兼四郎の長屋に居候の身となった。ところが長屋に来てみると、土間に死体が投げこまれていた。それは碇屋で、木材問屋美濃屋の持船竜神丸が幽霊船であったと告げた巳之吉であった。これを機会に吉宗は新事件の究明にのりだした。兼四郎を、巳之吉の雇主である回船問屋の河内屋善左衛門に会わせた。しかしなぜか善左衛門は血相をかえて、追い出した。一人娘お園は、三年程前から父のようすが急変したと告げた。その日碇屋で第二の殺人が起きた。殺されたのは兼四郎を探していた浪人だ。そして第三の殺人は、河内屋の住吉丸の船頭嘉兵衛が水死体であがった。第四の殺人は、お浪の兄清吉であった。清吉は、竜神丸の舵取りだった。吉宗は、清吉の持っていた紙片から、美濃屋が怪しいと睨んだ。竜神丸にのりこんだ、兼四郎とお園、お浪は、美濃屋の古井戸の秘密の穴倉に閉じ込められた。穴倉の秘密とは、幕府転覆を企てる大名や、浪人たちに弾薬を売りつけることだった。河内屋も殺された四人も、すべてこの秘密を知っていたのだった。吉宗に救い出された兼四郎の前で、弾薬が大爆発した。吉宗は立ちつくしたが、数分後、勅使の登城をむかえる謁見の間で、礼を正した、吉宗がむかえたのは、勅使五条大納言兼広卿、すなわち兼四郎の姿であった。